本市普通高中开设的基础型课程有语文、数学、外语、思想政治、历史、地理、物理、化学、生命科学、信息科技、艺术、体育与健身、科学与社会等。由于科学学科目前仅在二期课改试验研究基地学校开设，社会学科从2009学年起刚在二期课改试验研究基地学校开设，因此在普通高中学业水平考试试行阶段，这两门学科暂不作为考试科目。
此外，艺术、体育与健身课程一般不采用统一笔试的学业评价方式，因此也不作为普通高中学业水平考试科目。普通高中拓展型和研究型课程，由于学生修习内容不同，因此无法建立全市统一的学业评价标准，这两类课程的学业评价由学校以《上海市学生成长记录册》为基础，按照综合素质评价的要求进行。