各学科考试分值为120分，其中英语、物理、化学和生命科学学科书面笔试满分为100分，英语听说测试和物理、化学、生命科学技能操作测试满分各为20分。考试成绩最终以等第形式呈现。
由于普通高中学业水平考试具有普通高中毕业考试的功能，因此考试成绩一般以卷面成绩60分为合格线，作为普通高中毕业生学业水平是否达标的标准。在试行阶段，试题难度系数若不稳定，则合格线可以适当调整。同时，由于普通高中学业水平考试成绩可作为高校招生录取的重要参考依据，为兼顾各类高校招生的要求，水平考试“合格”的成绩再分为A、B、C、D等四个等第，A等约占20％，B等约占30％，C等约占25%，其余为D等。