市教委从2004年开始，每年拨付3000万元，用于改善农民工子女学校办学条件。2007学年重点改善农民工子女学校食堂、厕所、教室照明、图书室等设施条件， 240所农民工子女学校完成改善工作，共投入资金4563万元（其中市教委投入3000万元），修缮教室3653间，新建或改造厕所602间，修建学生食堂208间，为学校配置图书22万余册。从2007学年起，我们每年出资50万元，为农民工子女学校购买校方责任险。各区县都十分重视改善农民工子女学校办学条件，浦东、金山、奉贤等许多区县专门腾出校舍供农民工子女学校使用，嘉定、闵行、浦东、宝山等区通过拨款、捐赠等形式为农民工子女学校无偿配送课桌椅、电脑等教学设施设备，改善农民工子女学校办学条件。部分区县还成立“奖学金”、“奖励基金”等，用于奖励品学兼优、家境贫寒的农民工同住子女，奖励农民工子女学校的优秀教师。
同时，各区县通过加强农民工子女学校举办者、校长和教师培训，与公办学校结对开展教学、管理、教研活动，向农民工子女学校输送教师等多种形式，提升农民工子女学校办学水平和教育教学质量。嘉定、松江、青浦等区县组织了农民工子女学校专管员（视导员、督导员）队伍，作为派驻农民工子女学校的专职管理人员，检查指导学校的教育教学、安全卫生等工作。同时，各区县还都成立了教育、公安、卫生、青保等部门组成的检查组，定期或不定期对农民工子女学校的安全、卫生等工作进行检查。
通过几年的努力，本市农民工子女学校的办学条件有了很大的改善，农民工子女学校的教育教学质量有了一定的提升。