上海市教育委员会内设机构为24个，分别是：办公室、秘书处（研究室）、发展规划处、人事处、财务处（国有资产管理处）、基础教育处、职业教育处、高等教育处、终身教育处、托幼工作处、民办教育管理处、学生处、科学研究处、信息化工作处、体育卫生艺术科普处、国际交流处（港澳台办公室）、学校后勤保卫处、政策法规处（政风行风办公室）、教材和语言文字管理处、审计处、德育处、督导室、青少年保护工作处、信访办公室。
一、办公室
负责行政文电、机要、档案工作，承担政务公开、建议提案办理、教育对口支援、校友会管理工作；落实两委会务、机关事务等机关日常运转工作，协助落实行政督查督办、信息编报工作；统筹协调指导其他有关行政工作。
二、秘书处（研究室）
承担市委教育工作领导小组办公室日常工作；协调推进重大教育改革任务，组织研究教育领域重大政策和改革方案，研究提出政策落实措施建议，开展决策咨询与信息报送；负责综合性文稿起草工作。
三、发展规划处
组织编制教育事业发展规划；负责推进教育体制改革；统筹推进高等学校改革发展；会同有关方面组织实施高等教育布局结构调整与高等学校设置；实施教育基本建设及修缮；会同有关方面拟定高等教育和高中阶段教育招生计划；承担教育基本信息统计、分析等工作；牵头推进长三角教育一体化工作。
四、人事处
宏观管理、指导和开展本市各级各类学校人事工作；规划、指导和推进本市各级各类学校教师队伍与教育人才队伍建设；负责直属单位人事管理工作；负责本市教育系统评优奖励工作。
五、财务处（国有资产管理处）
拟订教育经费筹措与管理、教育投入、教育收费和学生资助资金管理等政策；承担市教委系统预决算、财务管理、绩效管理工作；负责教育专项经费的安排和管理；负责教育经费统计工作；负责统筹组织开展学生资助工作；承担市教委系统事业与企业国有资产监管工作；指导市教委系统政府采购有关工作；指导本市教育系统财务与会计业务工作；负责教育财务综合管理工作。
六、基础教育处
牵头统筹规划基础教育工作；宏观管理和协调指导本市义务教育、普通高中教育以及中小学阶段的特殊教育、民族教育；指导、督促各区落实、完成本市基础教育工作任务；负责中小学招生与考试、课程与教学、质量与评估、学籍与装备以及信息技术在教学和管理中的应用等工作；负责中小学教材编修管理工作。
七、职业教育处
统筹规划、综合协调、宏观管理职业教育事业。指导职业教育教学改革，制定教学指导文件和教学评估标准。指导职业学校专业、课程、教材、装备和实训基地等建设。会同有关方面拟订中等职业学校入学、升学、考试等有关政策。指导中等职业学校教师培养培训工作。推进长学制贯通培养，深化办学体制改革，完善现代职业教育和培训体系。
八、高等教育处
统筹规划和指导高等学校人才培养；综合管理和协调指导高等教育教学；负责上海地方高校专业设置管理；组织协调教学资源优化配置和共享工作；统筹协调高等教育的质量保障体系建设；承担上海市学位委员会办公室工作。
九、终身教育处
负责指导和推进学习型社会建设工作，推进各类学习组织、活动、平台建设；促进本市终身教育事业发展，指导开展社区教育、老年教育、农村成人教育、企业教育和在职人员培训等继续教育工作；指导管理各类高等非学历教育工作；指导落实高等教育自学考试的组织及专业管理工作；协同有关委办局拟订民办非学历文化教育培训市场管理的政策文件，指导督促各区教育行政部门协同有关单位贯彻落实国家和本市管理要求，做好民办非学历文化教育机构及其市场的管理工作。
十、托幼工作处
宏观管理和协调指导本市托育工作；宏观管理和协调指导本市学前教育工作；承担市托幼工作联席会议办公室的日常工作；指导、督促各区落实、完成本市托育工作和学前教育任务；负责托育机构管理、托育行业队伍培养等工作；负责幼儿园招生、教学、信息管理、图书管理、资源配置等工作。
十一、民办教育管理处
负责民办教育法律法规的贯彻实施，制定支持和规范民办教育政策措施；承担民办教育统筹协调和宏观管理工作；会同有关方面承担民办高等学校设立、变更等行政审批事项；制定各级各类民办学校设置标准；负责民办学校办学许可证管理和信息公开工作；指导民办教育行业组织和教育类社会组织建设。
十二、学生处
统筹管理本市部分高等教育（普通本专科、成人、三校生）的考试招生和本市高校考试招生制度综合改革工作；统筹协调本市高校毕业生就业创业工作；负责本市高校学生资助、高等教育学籍学历管理、高校学生申诉复核等学生管理服务工作；大学生征兵工作。
十三、科学研究处
统筹推进上海高校承担国家“双一流”建设，承担上海重点学科建设工作；协调、指导和推进上海高校参与国家、上海创新体系建设，支撑上海科创中心建设；指导、推进上海高校科学技术、哲学社会科学、教育科学研究工作；指导、推进上海市属高校技术转移转化工作、国家省部等各类科技计划的实施工作、科技创新平台的发展建设和产学研结合等工作；承担上海高校科技、社科统计工作。
十四、信息化工作处
负责教育信息化统筹规划和建设指导工作；负责教育信息化政策制订、标准研制；承担信息化项目归口管理、审核和绩效评估；统筹推进智慧教育研究与智能化校园示范建设；统筹推进信息技术在教育教学、管理中的应用；统筹推进教育信息资源整合、开放、共享；负责机关信息化工作；负责教育系统网络及信息系统安全管理。
十五、体育卫生艺术科普处
宏观管理和指导本市学校体育、卫生、艺术、科普及国防民防工作；制定相关教育教学、课外活动、评估评价及条件保障等政策和指导性文件；指导相关市级协会、运动队联盟、艺术团体等，规划市级体育竞赛、健康教育活动、艺术交流展演、科普和国防民防活动，协调各级各类学校学生参加；处理学校突发公共卫生事件。
十六、国际交流处（港澳台办公室）
拟订本市教育国际合作与交流的发展规划及相关法规性文件；统筹管理本市教育国际合作与交流各类项目；统筹管理各级各类学校国际（港澳台）学生工作；承担上海外籍（港澳台）人员子女学校的审批和监管工作；统筹本市国际中文教育工作；指导和协调出国留学工作；承担涉外办学项目和机构的管理工作；承担市教卫直属机关因公出国（境）审核和管理工作；协同承担外籍（港澳台）教师管理、市属高校国际（港澳台）学术会议审核、教育专业性国际组织设立和管理、境外非政府组织境内活动审核管理等工作；承担港澳台地区教育合作与交流工作。
十七、学校后勤保卫处
规划指导学校后勤和安全现代化建设；统筹指导学校后勤改革和管理工作；推进学校节能环保和生态文明建设；牵头监督指导教育系统安全生产、防汛防台、绿化和事业单位公车管理等工作；负责高校治安综合治理，监督指导平安校园建设；做好高校应急管理工作。
十八、政策法规处（政风行风办公室）
统筹协调本市教育法律制度规范体系建设；负责两委机关的党内规范性文件审核和行政规范性文件合法性审查；协调推进本市教育系统依法行政和依法治校工作；承担市教委行政复议、应诉工作；统筹开展本市教育系统规范教育收费、政风行风建设；组织开展教育法治和公共政策相关研究；承担对接市委依法治市办、市法宣办、市审改办等日常工作。
十九、教材和语言文字管理处
牵头负责教材宏观管理工作；根据国家教材管理要求，组织、协调相关处室制定完善本市大中小学教材管理制度、实施办法等工作。拟订全市语言文字工作规划；协调、指导、监督各区、各行业、各学校语言文字规范化、标准化工作；推进教材和语言文字管理信息化建设。
二十、审计处
负责对市教委系统财政财务收支、经济活动、内部控制、风险管理等实施独立、客观的监督、评价和建议；指导、监督和管理市教委系统内部审计工作；协助督促建立健全审计发现问题整改机制，推进审计结果运用；会同纪检监察、巡视巡察、组织人事等其他内部监督力量，建立信息共享、结果共用、重要事项共同实施、问题整改问责共同落实等工作机制。
二十一、德育处
统筹本市大中小幼德育工作、劳育工作；指导大中小学一体化开展思政课和课程思政（学科德育）建设；协调推进家庭教育指导工作，协同市青少年校外活动联席会议办公室开展校外教育及日常工作。
二十二、督导室
统筹规划和协调指导本市教育督导工作；监督、指导市政府相关职能部门和各区政府依法履行教育职责；监督、指导本市各级各类学校和其他教育机构规范办学；组织开展本市各级各类教育发展状况和教育质量的评估、监测，落实归口管理；指导各区教育督导机构开展业务工作；承担市人民政府教育督导委员会办公室工作。
二十三、青少年保护工作处
统筹、协调、指导中小学幼儿园安全风险预防、风险管控工作；负责中小学幼儿园应急管理和风险化解工作；负责预防中小学生违法犯罪、专门教育工作；统筹、协调、指导未成年人保护工作、承担市未成年人保护委员会办公室日常工作；协调、指导中小学幼儿园校园及周边治安综合治理工作；承担有关协调机构成员单位工作。
二十四、信访办公室
指导推进本市教育系统信访工作；负责本市教育系统信访矛盾的梳理排查、汇总分析及协调化解等工作；负责两委信访工作；负责两委“12345”市民服务热线转交工单工作；承办上级部门交办信访工作。