上海交通大学医学院按照建设世界一流大学和一流医学院的方向思路，以提升医学生职业胜任力为导向，凝练形成“一个模式、两个主体、三个层面、四个贯通、五个特色”的精品医学教学改革思路：一个模式，即构建以提升学生综合能力为核心，把科学知识、创新思维、实践能力和人文素养培养融为一体的培养模式；两个主体，即：以人为本，在教学改革中完整体现学生和教师两个主体；三个层面，即：突出实践与创新，加强基础实验、临床实践和科研训练三个层面的能力培养；四个贯通，即：打破传统的“分段式”培养模式，促进基础医学理论与实验、临床医学理论与实践、医学人文与职业态度、科研训练与创新能力培养四个方面内容的贯通融合；五个特色，即：培养具有“厚基础、强实践、重转化、塑规范、融国际”五大特色的卓越医学创新人才，构建“卓越医学创新人才”培养体系。据此，学校实施8项医学教育改革措施：
一、优化完善医学专业设置
在集中力量办好临床医学、口腔医学、预防医学、医学检验、护理学、营养学等6个专业基础上，借鉴北美医学教育模式，于2002年起，从重点综合性大学选拔招收部分优秀本科毕业生攻读医学博士，在国内率先实施“4+4”本博一贯式的医学教育培养模式；2005年，获教育部、国务院学位办批准建设临床医学八年一贯制专业；2012年起恢复临床医学五年制（儿科方向）招生，满足了国家医疗卫生服务行业对稀缺专业的紧急需求；2015年，口腔医学专业实现了由七年制向“5+3”培养模式的转变。
二、参照国际标准建设本科专业
在开设临床五年制（英文班）基础上，于2014年成立上海-渥太华联合医学院，成为迄今我国临床医学本科教育领域唯一获教育部批准的中外合作办学项目。2015年，上海交大医学院以培养国际化医学科学领军人才为目标，开设生物医学科学专业（本-博连读）。同时，借助法国多所医学院校之力，把夯实临床医学法文班作为学院传统特色。自1997年起，将该专业纳入中法两国政府文化教育合作框架，学生在校以法语为第一外语，在实习阶段赴法接受住院医师培训一年，由法国医学院校授予“专业培训证书”，目前，该专业已培养近800名法语医学人才。
三、推进系统整合式课程改革
作为全国第一家开展系统整合式教学改革的医学院校，学校于1997年在临床医学法文班中试行器官系统整合教学。目前，在临床医学八年制、临床医学五年制、口腔医学等专业全面实施系统整合式课程，即：“以器官系统为主线，淡化学科，融形态与功能、基础与临床、医学与人文为一体”的系统整合式课程体系，实现基础医学各学科间以及基础医学与临床医学学科间的有机整合，深获好评。
四、创新医学教育教学方法
创新性实践PBL（Problem based learning）、CBL（Case based learning）、RBL（Research based learning）、TBL（Team based learning）、CAL（Computer assisted learning）等学生参与式学习方法，通过强化形成性评价，提高学生自我学习能力。打破传统医学教育分段式培养，以开设“博极医源”系列讲座、“早期接触临床”实践教学等，实现学生在校学习期间基础医学教育不断线、临床医学教育不断线、职业态度与人文教育不断线、科研训练与创新能力培养不断线。通过前后期整合与贯通性培养，将职业态度培养与人文教育从过去的通识教育阶段延伸及扩展到医学教育的各个阶段，有效提升了医学生的人文素养。
五、加强医学教学基地与平台建设
通过教学联盟体建设，推动临床教学基地良性发展，实现模拟医学平台与教学示范病区有机联动。作为国家级临床技能实训中心组长单位，积极引领全国临床实践教学体系建设。实施MDT（Multidisciplinary teamwork）现代医学诊疗教育模式改革，有效提升了学科诊疗能力和教育水平。国家级虚拟仿真实验教学中心已形成多模式、多专业、多层次，多阶段、广覆盖、数字化的教学平台。学院积极参与上海公共课程资源共享与平台建设，开设了《关爱生命急救与自救技能》供全市各高校学生选修；《常见慢性病的健康管理》成为国内首门护理专业大型开放式网络课程（MOOC）。
六、健全教学质量保障体系
实施教考分离机制，把以书面考试为主的考试方式，转变为综合考评方式。引用标准化病人，实施特色鲜明的临床客观结构化考试（OSCE），构建一套与该教学模式相应，且可针对不同年级的医学生临床能力考核评价标准和体系，有效检验和提升了医学生临床技能操作水平。并在多元评价基础上，完善教学质量监控体系，建立由在校生教学质量反馈、毕业生质量跟踪调查、社会用人部门及专业同行专家评价等构成、具有本专业/学科特色的人才培养质量评价制度。
七、强化教师队伍建设
学校作为市属学校本科教师教学激励计划的首批四所试点高校之一，按照系统整合式课程模式，围绕首席教师建立了33个教学团队。并在交大医学院系统内创新性实践“双百人计划”，促进两支各由100人组成的“临床专职科研队伍”和“研究型医师队伍”积极参与本科生教学，切实推动以卓越创新能力的教师队伍的建设，进而实现教学科研协调发展和造就卓越创新医学人才的办学宗旨。
八、创新学生工作机制
根据临床医学教育前、后期特点，积极构建“两横一纵，纵横交错”的“医学大教育”学生工作特色格局，即：发挥院本部学指委与各委员单位（横向）、院本部学指委与各附属医院（纵向）、各附属医院内部学生教育教学管理部门（横向）的联动作用，打通本科生、研究生学生工作。自2009年起，率先在全国实施“班导师”制度，即：由医学科学家、高级临床专家等担任本科专业的班导师，直接、全程参与本科生培养，促进辅导员队伍与班导师队伍“双师联动，协同育人”机制建设。发挥好教师教学激励计划的“全程激励”作用，建构了医学创新人才培养的长效机制，有效提升了医学人才培养内涵。