2017年，在市委、市政府领导下，上海中医药大学启动高水平地方高校试点建设。学校以建设世界一流中医药大学为目标，紧紧抓住“一个根本”，始终坚持立德树人根本任务，发展一流本科教育；坚持“一个龙头”，以学科为龙头打造顶尖优势，为建设世界一流中医药大学奠定基础；聚焦“一个关键”，引育并举汇聚大批高层次人才，为学校和学科发展注入关键动力；抓住“一个机遇”，协同“一带一路”沿线国家开展合作交流，实施中医药“走出去”战略；夯实“一个基础”，完善内部治理结构，形成自我管理、自我约束的良性运行机制，为高水平大学建设奠定制度基础。一年多来，学校高水平大学建设初见成效，部分领域取得历史性突破。
一、聚焦立德树人，卓越中医药人才培养取得新突破
树立主动服务国家战略和服务行业需求的人才培养观，遵循医学教育和中医人才成长规律，学校将人文教育与专业培训有机联动，建立立德树人与职业成长紧密结合的教学体系和运行机制。
一是开展实施“六大工程”。围绕“一体两翼”人才培养理念，实施德育为先的跨界协同育人共同体工程、基于传承的卓越中医药人才培养工程、基于健康服务特色的应用型人才培养工程、成果导向的学生创新创业推进工程、服务“一带一路”战略的国际化人才培养工程、人才培养机制创新和服务保障工程等“六大工程”，探索高水平大学人才培养模式。
二是创先实施“课程思政”。学校立足中医药特色，率先在专业教育体系中开展全过程、多样式、广覆盖的“课程思政”改革探索，形成“各门课程都有育人功能，所有教师都负有育人职责”工作思路，建立思政理论课主渠道价值引领、通识课“以文化人”、专业课“润物细无声”的“课程思政”教学体系，实现“100%课程建立德育目标并融入德育元素”“专业课程德育重点建设项目达到100门”两大目标。2018年，学校参与的“入耳入脑入心 同向同行同频：以思政课为核心的课程思政教育教学改革与创新”获国家级教学成果奖一等奖； “跨界协同育人共同体”入选教育部高校思想政治工作精品项目，学校专业课程融合思政改革实践成效明显。
三是推动实施“沛然计划”。根据中医人才“重继承、重实践、重人文、重创新”特点，推动以学校首位国医大师裘沛然教授命名的“沛然计划”，开展本硕博一体化人才培养模式改革。首先是全覆盖“育苗”，中医学新生入校后即全员纳入“沛然计划”培养体系，学校开设院士、名医和学科领军人才导航课程，引导新生探索中医传承脉络。其次是全过程“培育”，学校设立“与名中医面对面”临床示教模块，由市名医工作室参与师承带教，培养学生建立中国传统思维方法。最后是全方位“拔尖”，通过评估遴选，培养具有中华传统文化素养、批判性思维能力、沟通协作能力和全球化视野的卓越拔尖人才。首批遴选19名优秀学生开展 “基础与临床双导师”培养。
二、加强学科建设，教育教学水平得到新提升
学校以“对标国际、聚焦创新、体现优势”为原则，通过改革科研组织新形态和科研反哺教学等举措，“柔性引智、国际合作、学科交叉”三拳组合组建创新团队，全力提升学校学科内涵和教学水平。
一是整合研究机构与学科资源，建立创新研究院。学校通过深化教育综合改革，打破原有管理模式，整合研究机构与学科资源，建立科研组织新形态，组建以研究方向为主导、科研平台为支撑、人员按需流动的三个创新研究院：面向基础前沿的交叉科学研究院；面向文化引领的科技人文研究院；面向行业企业的创新中药研究院。通过重新组合科研组织形态，增强科学研究活力和成果表达力，全面提升学科整体实力。2017年，学校中医学、中药学2个学科入选国家“双一流”建设；中医学、中药学、中西医结合3个主干学科在全国第四轮学科评估获A+等级，A+学科数量首次位居全国中医药院校首列。2018年，学校中医学、中西医结合学科升格为本市Ⅰ类高峰学科。
二是实施“高峰造尖行动计划”，组建创新团队。学校在实施“高峰高原”学科建设基础上，重点实施“高峰造尖行动计划”，集聚顶尖人才，打造以科技创新为使命的顶尖优势创新团队和以整体能力提升为目标的高水平创新团队，投入专项经费，完善学校——学科——团队创新运行机制，近期多篇研究论文在国际顶级杂志发表。例如柯细松教授团队2017年在《自然-化学生物学》Nature子刊发表研究论文；交叉科学研究院、针灸研究、学校脾胃病研究所、曙光医院脾胃病科团队2018年分别在Nature子刊、Science子刊、Journal of Clinical Investigation在线期刊、Cell子刊发表，其中针灸研究团队研究成果《Science Translational Medicine》上以封面文章发表，学校科学研究国际影响力初显。
三是拓展多学科融合教学资源建设。重点加强中医传统与现代科技结合类课程建设，联合与中医生物工程、康复、护理等健康服务相关专业，开发中医工程、中医信息、实验中医学等新兴课程。依托学分制、跨专业辅修的个性化培养保障机制，打通跨学科学习和实践的“立交桥”。完善中医创新教育环境，打造一批基于项目研究和成果产出的创新创业示范课程，将创新创业训练纳入卓越中医人才整体培养方案，建立高层次科研人员、学科骨干为核心的导师队伍，依托区校、校企战略合作科创孵化基地，实现学生科创训练受益面100%。
三、引领国际标准，中医药国际标准又添新亮点
学校坚持一流大学做标准的工作理念，着力推进中医药国际标准化引领工程。以国际标准化组织中医药技术委员会（以下简称ISO/TC249）秘书处为抓手，聚焦中医药国际化，整合研究力量，加强中医药国际标准化人才培养，推动中医药领域国际标准化工作，为构建中医药领域的国际标准体系，推动中医药及中国传统文化走向世界作出贡献。
2018年6月，学校中医药国际标准化研究所所长沈远东教授当选ISO/TC249候选主席，将于2019年起担任正式主席。2018年8月，国际标准化组织ISO总部批准并发布由学校杨华元教授领衔制定的国际标准ISO 20493：2018中医药——远红外灸疗仪，并在其官方网站同步报道。这是首个学校主导的ISO中医药国际标准，也是学校作为ISO/TC249秘书处制作完成的第31个国际标准。
此外，学校中医药国际标准化研究依托传统医学国际疾病分类专家组，主导世界卫生组织国际疾病分类（以下简称WHO/ICD）WHO/ICD-11“精神与行为障碍诊断指南”标准制定。2018年6月，WHO/ICD-11正式发布，其中传统医学章节由学校专家领衔编撰完成，进一步增强中国传统医学国际话语权。
学校在高水平大学建设过程中始终坚持重点突破与特色发展相统一、学科建设与学校整体发展相结合，面向中医药事业发展和人民健康需求，探索走出一条世界一流、中国特色、上海特点的中医药大学发展道路，建设一流学科，汇聚一流师资、培养一流人才、产出一流成果，有力支撑服务国家和上海区域发展战略。