上海健康医学院作为一所在上海教育综合改革背景下应运而生的新型市属本科医学院校，建校以来抓住综合改革机遇，主动对接“健康中国”和“健康上海2030”新要求，以“5+3”（五年本科、三年临床实践）为主体，“3+2”（3年专科学习+2年职后脱产培训）为辅助，探索和创新全科医生培养模式，着眼培养“下得去、留得住、用得好”的医学应用型人才，提高医学生基本医疗和公共卫生服务能力，成为居民日常健康的“守门人”。
一、聚焦人才培养目标定位
学校聚焦破解郊区农村地区医疗卫生资源不足的短板，把培养面向基层服务的全科临床医学人才作为核心目标，围绕全科医学学科建设，全面实施临床医学国际化办学，聚焦建设高水平教师队伍，促进全科医学快速发展，探索全科医生学科建设新途径。
学校率先以订单式模式为本市农村定点定向培养乡村医生，为全科医生培养奠定基础。立足乡医岗位需求，培养学生在预防保健、全科医疗、妇幼保健、康复治疗、健康教育、计划免疫、计划生育等领域的医疗能力；探索和实践“1+2”的医学职业教育模式，即：第1学年在校完成基础理论学习并辅以仿真实训和社区见习，第2-3学年在以学校附属医院为主体的实践基地进行临床理论学习、见习与实习，取得预期效果。
二、创新“5+3”人才培养模式
学校以“5+3”为主体，形成了分阶段的全科医学人才培养及课程设置方案。
第一阶段：建立针对五年制本科培养阶段的全科医学能力培养体系。在课程设置上推进医学基础与临床课程的衔接和整合，强化常见病、多发病和老年病的治疗学习。同时在附属医院和社区教学基地完成5年中后2年的临床理论、实习、社区见习等环节。
第二阶段：建立针对后三年全科医师规范化培训阶段的培养体系。开展以附属医院和签约社区卫生服务中心为基地的临床现场教学，强化临床实践能力的培养，并把全科服务理念贯穿于教学、实践全过程。
三、优化“3+2”人才培养模式
学校通过订单式定点定向模式，培养三年制乡村医生，以“造血”方式解决了乡村医生在数量、年龄结构上的多种问题。2012年，学校与嘉定中心医院合作，开展乡村医生培养的“3+2”培养模式改革试点，以终身教育的视野改革“3+2”人才培养模式，着力培育助理全科证书、执业助理医师证书、本科学历、本科学位的“四证人才”。
通过近十年乡村医学人才的培养，近千名毕业生扎根基层，“3+2”培养模式初见成果。2016年，学校在全市铺开该模式，建立了23个全科规范化培训基地。同时，上海市助理全科医师师资培训中心及评估中心在学校挂牌成立，培训全科师资，加强动态评估，为全科医生培养夯实基础。
四、建设社区联盟教学基地
为对接国家分级诊疗部署，使学生在“早临床、多临床、反复临床”的见实习过程中接触到更多常见病、多发病、慢性病，学校不断加快建设社区联盟教学基地, 本着“院校联合、工学结合、优势互补、合作互赢”原则，整合临床医学院、附属医院、社区卫生服务中心三方的专业和资源优势，形成“学校—医院—社区”一体的社区健康促进和教学体系。目前已建立马陆、嘉定镇、合庆、书院、川沙、康桥6家社区卫生中心及社区联盟教学基地，将培养人才的知识结构从单纯的“诊断—治疗”两个层面，转变为“预防—保健—诊断—治疗—康复—健康管理”六位一体的知识结构体系。
学校对相关附属医院、社区卫生服务中心临床教学工作进行直接管理与指导；学校附属医院对相应的社区卫生服务中承担早期接触临床、全科医学社区实践和临床见、实习带教工作进行直接管理、指导、监督和反馈；相应的社区卫生服务中心充分发挥在基层医疗卫生服务和全科医学教学实践中的功能和作用，加强师资队伍建设，强化、细化、优化各类教学任务的过程管理和质量保障，确保教学工作有序、科学、规范开展。
五、搭建全科医学学科平台
学校将“全科医学”纳入重点建设学科，搭建“基于社区的慢性病管理研究平台”，整合临床医学、老年护理、社区康复、健康管理四个学科的力量，建设跨学科合作平台，推进全科医学建设。同时，培育聚焦全科医学的学术骨干，加强人才引进，搭建了高水平全科医学师资团队，保障了人才培养质量。