市第十二次党代会明确提出了深化科技体制机制改革的重要任务，要求强化高校和科研院所创新策源作用，疏通基础研究、应用研究和产业化双向链接快车道。高水平大学作为科技创新的前沿阵地，在打造国家战略科技力量和服务区域经济社会发展中承担着特殊使命。近年来，上海交通大学瞄准科技重点突破领域和产业变革主攻方向，强化校企合作与产学研用协同创新，着眼构建先进的大科研组织管理体系进行积极探索。
以落实国家和上海重大任务为牵引，担当科技自立自强使命。国家要强盛、民族要复兴，关键要抓住科技创新的先手棋和主动权。上海交大聚焦贯彻落实习近平总书记对李政道先生建言的重要批示精神，与国家战略目标、战略任务对接，在上海市、科技部、教育部共同指导支持下，大力建设李政道研究所，致力打造基础科学研究肥沃土壤与成果高地，深度参与、服务支撑上海全球科创中心建设。坚持问题导向，为解决关键领域的“卡脖子”问题贡献力量，牵头攻关的“海上大型绞吸疏浚装备”实现从“技术被封锁”到“出口管制”历史性跨越，在我国南海岛礁建设中发挥了重要作用，2019年荣获国家科技进步奖特等奖。围绕国家急需，布局推进“大海洋”“大健康”“大信息”“大零号湾”等面向未来专项行动计划，引领科技创新，培育一流成果和一流人才。成功争取国家重大科技基础设施“深远海全天候驻留浮式研究设施”项目落户上海，助力上海建成世界级海洋科技高地。
全链条推进科技成果转化，助力经济社会高质量发展。高水平大学不乏高水平科研成果和原创性技术，但如何以科技成果更好助力服务经济社会发展，突破高水平科技创新成果转移转化的“最后一公里”，依然是一个需要不断应对和回答好的课题。上海交大在国家部委和上海市委、市政府支持下，启动科技成果转化专项改革试点，聚焦破解束缚科技成果转移转化“细绳子”问题，努力打造我国高校成果转化改革的“试验田”和“小岗村”，出台了科研服务、人事评聘、国资管理、财务管理、研究生培养等系列改革政策，构建了“一门式、首问制”创新成果转化长效机制，探索形成了可复制可推广的高校科技成果转化路径和模式；布局环交大的“大零号湾”科技创新策源功能区，既把实验室成果推向社会和行业，也吸引头部科创企业入驻园区，形成企业需求与科技供给的良性互动。
构建大科研组织模式，提升高校科技集成攻关能力。随着现代科学技术的快速发展，重大科技问题和社会问题的解决越来越需要跨学科、跨领域、跨团队，甚至是跨国界合作攻关，这迫切需要大学创新高效的科技攻关组织机制，引导创新资源有效配置。上海交大扎实推进大科研组织模式改革，把项目管理、科技成果转化、军工国防、地方研究院、质量与内控等职能纳入大科研院统一管理，形成全链条全口径体系，为对接国家战略需求提供有力组织基础。通过企业出题、高校“揭榜挂帅”，提升校企合作服务国家战略的能级，与中船集团、中国航发、中国商飞等龙头企业开展研究生联合培养，通过“双导师”制培养企业所需的技术骨干人才；与宁德时代、华为公司等共建校企联合研发平台，联合开展前沿基础研究、应用技术研究、科技成果转化等合作，取得了一批重大成果。