上海市教委目前在建的市属高校重点学科共有二个专项计划，分别为：上海市重点学科（第三期）、上海市教育委员会重点学科（第五期）。
一、《市属高校上海市重点学科（第三期）建设实施方案》
为进一步加强上海高校的内涵建设，推进市属高校学科布局结构优化与调整，在前两期上海市重点学科建设的基础上，市教委决定实施市属高校上海市重点学科（第三期）建设计划。
1.指导思想
上海市重点学科（第三期）是上海构建国家三级重点学科建设体系的核心环节，也是推动学科专业结构优化调整的重要举措。结合上海高校发展定位规划与学科专业结构优化调整工作，对市属高校中的优势学科参照国家重点学科的要求进行重点建设，为其跻身国家重点学科作建设储备，并以此推动上海高校的内涵发展。
2.建设目标
(1)推进市属高校学科专业结构优化调整，发挥优势学科的辐射作用，带动相关学科的建设与发展。
(2) 增强上海高校的自主创新能力，形成全方位、多层次服务于经济、社会发展的知识创新体系。
(3)实现知识创造向教学辐射，构建高素质创新型人才培养体系。
(4)为上海高校更多的学科进入国内一流行列提供支撑，提高上海高校在全国的学科地位和竞争实力。
3.申报要求
(1)学校范围：具有博士学位授予权的市属高校。
(2)学科范围：以国务院学位委员会、原国家教育委员会1997年颁布的《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》（包括新增设的"马克思主义理论"一级学科）中的二级学科为主进行申报；医学门类中的内科学、外科学可以按三级学科进行申报；未设二级学科的一级学科按一级学科申报。现有的国家重点学科不在此次申报范围内。
(3)申报条件：
申请学科应具备以下条件：
具有博士学位授予权，整体水平处于国内同类学科的前列；
拥有在国内外本学科领域有较大影响的学术带头人和优秀的学术团队；
学术水平、研究基地等方面已有很好的基础，通过建设将有实力争取国家重点学科；
属于各依托高校学科专业结构优化调整方案中确定的重点建设的学科。
4.评选方式
集中申报，统一遴选，好中选优，按需支持。
(1)各市属高校根据学科专业结构优化调整方案，遴选符合条件的学科报送市教委。
(2)市教委将按照公平竞争的原则，组织相关领域的专家按重点学科申报条件对申请学科进行遴选。
(3)市教委将在根据专家评选意见和听取依托学校意见的基础上，确定入选学科，并予以"上海市重点学科（第三期）"的冠名。
5.建设投入
(1)学校是学科建设的主体，学校对入选的学科须给予不低于学科建设总经费20%的经费投入。
(2)各学科要通过重点建设不断提高竞争能力和自主创新能力，多渠道积极争取建设经费。
(3)市教委将通过专项经费对入选的学科予以重点支持。学校要根据财政资金国库直拨的要求编实编细经费预算，市教委将根据建设任务的需要以及经费预算核定各学科建设经费额度。
(4)市属高校上海市重点学科（第三期）建设周期为三年（自2009年至2011年）。
6.管理与考核
(1)重点学科建设经费主要用于学科的研究基地建设、人才队伍建设、科学研究、对外开放、国内外学术交流与合作、向相关支撑学科辐射等方面，其中基地建设主要以公共开放的实验平台建设为主。各学科根据建设发展的实际需要可有所侧重，鼓励引进国内外优秀的领军人物和创新团队。
(2)学校要优化有利于重点学科发展的体制与机制，提供相关支撑条件和切实可行的政策保障措施。明确对学科建设规划的实施进行管理、指导和监督的归口管理部门。
(3)要认真遴选重点学科的带头人，学科的日常管理实行学科带头人负责制。
(4)对学科带头人将主要考核其管理协调能力，以及是否能带领学科取得较大的发展。
(5)各重点学科需严格界定组成人员。
所有学科人员不得跨学科重复，并原则上不得与其他重点建设项目重复，特殊情况下与其它建设项目重复的人员在参加绩效考核时，一项成果只能在一个项目中计入；
建设期内学科人员的流动需报市教委备案。
(6)市教委科技处作为重点学科建设的归口管理部门，负责重点学科遴选方案的制订，组织申报、专家论证、节点考核和终期评估验收等工作。
(7)重点学科建设实行目标管理，市教委将对重点学科建设进行中期检查、终期评估验收，并根据考核结果对学科实行动态调整。
(8)对学科建设成效的评价是以学科人员的工作业绩、研究成果、人才培养、对相关支撑学科及教学工作的辐射效益等作为主要内容。
(9)学校对重点学科制订的支持政策、措施的落实情况，以及经费投入情况将作为考核的重要内容。
二、《上海市教育委员会重点学科（第五期）建设方案》
上海市教育委员会推行的前四期重点学科建设项目对合理布局上海市属高校的学科体系,提高高校的科研整体实力,探索完善科研管理运行机制,促进高校产学研工作起到了十分积极的作用。为进一步加强上海市属高校的学科建设,上海市教委决定继续投入专项经费,进行上海市教育委员会重点学科（第五期）建设。建设方案如下：
1.指导思想
上海市教育委员会重点学科（第五期）建设的指导思想为"重点发展特色学科、努力扶植培育学科、积极鼓励交叉联合、继续完善运行机制"。
(1)积极发展特色学科。结合前四期上海市教育委员会重点学科建设的情况和上海高校学科的总体布局要求，对市属高校中有特色和发展潜力的学科进行重点建设，以促进其尽快发展并提升在同类学科中的地位。
(2)努力扶植培育学科。对与社会经济发展紧密结合的学科予以重点培育，促使这些学科尽快形成特色。
(3)积极鼓励交叉联合。推进多学科的联合、交叉，培育新的学科生长点，并鼓励学科与社会各界开展广泛合作。
(4)继续完善运行机制。进一步推动管理体制创新，完善学科建设运行机制。建立和完善多元投资体系和人才流动机制，把优秀人才的集聚和培养、基地建设、高水平的科学研究与为经济建设和社会发展服务有机地结合起来，为学科和学校的持续发展奠定坚实的基础。
2.建设目标
(1)通过专项建设经费的资助，在未来5年内建成一批特色鲜明、有发展潜力、与经济建设和社会发展紧密联系的学科，形成一批新的学科生长点，进一步完善上海高校的学科布局，提高上海市属高校的科研整体水平和综合竞争力，为科教兴市和创新型国家建设做出应有的贡献。
(2)建成一批具有自我发展活力的实验室、工程研究中心和社科研究基地等，提高其开展科学研究、对外合作和服务的能力，并建立开放、共享的管理运行机制。
(3)集聚和培养一批有影响的学科带头人和学术骨干，形成善于创新、团结协作、结构合理的学术梯队，建立并完善人才的柔性流动机制。
(4)增强高校科技实力和为社会服务能力，形成一批高水平的科研成果和技术，以推动社会、经济、文化等事业的发展和高新技术的产业化。
3.申报要求
(1)学校范围：部属高校以外的本科普通高等学校。
(2)申报条件：
特色学科：具有硕士以上学位授予权，整体水平在上海高校的同类学科中处于前列，有稳定的前沿研究方向，研究基础稳固，有较大发展潜力，并有望尽快形成优势的二级学科。
培育学科：没有硕士、博士学位授予权，与上海的经济建设和社会发展需求紧密相关、需优先发展的二级学科，有博士学位授予权的学校不在申报范围。通过建设，提升学科的整体实力，尽快成为学科的特色并能努力实现硕士学位授予权的突破。
申报的学科需拥有优秀学科带头人,学术梯队结构合理、学术氛围浓厚。学科带头人应该是主要精力放在学科建设上，管理协调能力强，年龄一般不超过55岁的专家学者。
4.评选程序
(1)各高校结合学科建设的总体规划，遴选符合申报条件的学科报送市教委。
(2)市教委将组织专家对各学科进行评选，推荐出基础好、建设规划合理、学校保障措施得力的学科，由上海市教育委员会审核、批准。
(3)被上海市教委批准的重点学科将冠名"上海市教育委员会重点学科（第五期）"。
5.管理与考核
(1)学校作为学科建设的主体，应突出重点学科建设工作的中心地位，对申报的重点学科需优先予以投入，并设立独立帐册，专款专用。重点学科建设经费用于学科的基地建设、设备引进、人才培养、科学研究等方面，各学科根据建设发展的实际需要可有所侧重。
(2)学校要建立有利于重点学科发展的体制与机制，提供相关的支撑条件和有力的、切实可行的政策保障措施。应明确归口管理部门，并对学科建设规划的实施进行管理、指导和监督。
(3)被确定的上海市教育委员会重点学科（第五期）将实行学科带头人负责制，学科带头人是学科建设的第一责任人。对学科带头人将主要考核其管理和组织协调能力，以及是否能带领学科取得较大地发展。
(4)各重点学科要严格界定组成人员，建设期内人员的流动需报市教委备案。对学科建设成效的评价将以组成人员的工作业绩为主要内容。
(5)上海市教育委员会重点学科建设实行目标管理，将对重点学科建设进行年度检查、建设中期评估和建设完成验收。重点学科建设的日常管理工作由市教委科学技术处负责。
(6)市教委将以阶段评估和终期验收的结果为依据，对建设成效显著的学科予以奖励；对建设规划完成不理想的学科予以通报批评，并对学科采取限期整改、削减或停拨建设经费、取消上海市教育委员会重点学科资格等行政处罚措施。
(7)对组织保障措施得力，学科建设规划整体完成较好的高校，市教委将予以通报表扬；对学科建设规划整体完成不理想的高校将予以通报批评。
三、《上海市教育委员会重点学科（第五期）建设经费管理办法》
第一章 总 则
第一条 上海市教育委员会重点学科（第五期）（以下简称"重点学科"）是国家、地方（部门）和所在单位三级重点学科体系的重要环节，是推进市属高校内涵建设，提高教育质量的战略性举措。根据《上海市教育委员会重点学科（第五期）建设方案》，特制定本管理办法。
第二章 经费投入
第二条 重点学科所依托的学校是重点学科建设的主体，应保障重点学科建设经费的投入。
第三条 上海市教育委员会在规定额度内对学校重点学科建设经费给予相应的配套建设经费。
第四条 学校和上海市教育委员会配套的经费应独立设账（账册编号报市教委备案），专款专用。
第五条 各重点学科应积极争取承担国家、部委、上海市和企事业单位的重大项目，多渠道筹集建设经费，努力提高学科的总体水平和对社会的贡献率。
第三章 经费使用
第六条 重点学科建设经费主要用于研究基地建设、人才队伍建设、开放基金设立、科学研究、国内外学术交流与合作等方面。各学科根据建设发展的需要可各有侧重。
第七条 研究基地建设经费主要用于研究基地改造、实验装备及图书资料购置等方面。重点学科要根据学科建设和发展的需要，围绕拟重点突破的研究方向购置实验装备，实验装备购置主要以公共实验平台建设的需要为依据。
重点学科建设过程中购置的单台（套）30万元以上的大型科学仪器应及时向上海研发公共服务平台报送信息，纳入全市共享系统。
第八条 人才队伍建设经费主要用于培养和引进重点学科梯队成员、国内外优秀的领军人物和创新团队（本市高校间存量人才的流动除外），在学科中形成流动、开放和激励的竞争机制，为优秀人才提供良好的创新研究环境和工作条件。
第九条 开放基金主要用于吸引国内外相关学科高水平研究人员进入重点学科开展科学研究。
第十条 科学研究经费主要用于科学、技术研究，为学科积极争取承担国家、地方和企事业单位的重大项目，解决社会和经济发展中面临的关键科学技术问题提供必要的支撑条件，包括用于开展必要的预研究。
第十一条 同内外学术交流与合作经费主要用于重点学科主办和参加重要的国内外学术会议，开展高水平的国内外合作研究，邀请国内外知名学者讲学等。
第四章 经费预算、下拨与决算
第十二条 重点学科建设经费由学科根据建设任务、目标和学校的投入情况提出经费总预算及年度经费预算，经专家论证和上海市教育委员会审核确定。
第十三条 上海市教育委员会按照审核确定的建设规划及经费预算，按年度下达配套建设经费。
第十四条 重点学科建设实行绩效考评，动态管理。上海市教育委员会将在年度检查、中期评估和终期评估验收的基础上，对完成情况较差，甚至无法完成建设规划的学科采取暂缓、减少乃至停拨后续配套建设经费等措施。
第十五条 重点学科建设经费以会计年度为核算期。每个会计年度结束后，各重点学科根据当年的经费使用情况，编制年度决算报表，并于下年度2月15日前送上海市教育委员会。对上海市教育委员会及学校投入经费的结余部分，一般可结转到下一年度使用。
第五章 经费管理与监督
第十六条 重点学科建设经费应严格按照核准的经费预算使用，如因特殊原因需要调整，须事先报请上海市教育委员会核准。
第十七条 学校要加强对经费的管理，多方筹集的重点学科建设资金应全部纳入学校财务管理。学校重点学科建设管理部门应会同学校有关部门对经费使用情况进行有效监督。
第十八条 学校领导、学科带头人应自觉遵守国家的财经纪律，各项支出标准应按国家有关规定执行。重点学科建设专项经费不得用于基建、罚款、还贷、捐赠、赞助等项目支出。
第十九条 重点学科建设经费的使用应接受上级主管部门、财政及审计等部门的监督和检查。上海市教育委员会根据有关规定对各学科经费使用、设备管理等情况，进行定期和不定期的重点检查，如发现问题和违规行为，将追究学科带头人及相关部门的责任。
第二十条 重点学科建设过程中产生的科研成果、专著、论文以及购置的仪器设备、图书资料，需统一注明为"上海市教育委员会重点学科建设项目资助，项目编号：ＸＸＸＸＸＸ"（标注英译为："Supported by Leading Academic Discipline Project of Shanghai Municipal Education Commission, Project Number：ＸＸＸＸＸＸ"）。
第二十一条 重点学科在建设过程中产生的学术和技术成果归学校所有，学校应按照有关知识产权保护的法律、法规进行规范管理；形成的资产均属国有资产，应纳入学校总资产，统一管理，合理使用，认真维护。在与社会其他部门共建研究机构及科研实体、科技成果转化过程中，若涉及重点学科的知识产权和国有资产问题，须报请上海市教育委员会核准。
第六章 附则
第二十二条 各校可根据实际情况，依据本办法制订实施细则。
第二十三条 本办法由上海市教育委员会负责解释。
第二十四条 本办法自发布之日起执行。