上海市教育委员会部门预算是包括上海市教育委员会本部以及下属88家预算单位的综合收支计划。本部门中，行政单位2家，事业单位87家。
2016年，上海市教育委员会部门预算支出总额为2,393,880万元，其中：一般公共预算拨款支出预算1,857,634万元。一般公共预算拨款支出预算中，基本支出1,010,245万元；项目支出847,389万元。一般公共预算拨款支出主要内容如下：
1.“教育支出”科目1,753,564万元，主要用于市教委所属的行政事业单位和直接从事学前教育、高中教育、高等教育、中专教育、高等职业教育、技校教育、广播电视教育和特殊学校教育的学校运行经费与项目支出。
2.“科学技术支出”科目9,300万元，主要用于从事基础研究和应用研究的机构运行经费和项目支出。
3.“社会保障和就业支出”科目11,122万元，主要用于行政事业单位离退休人员补贴等。
4.“医疗卫生与计划生育支出”科目50,863万元，主要用于行政事业单位职工基本医疗保险缴费经费和医疗统筹经费等。
5.“住房保障支出”科目32,785万元，主要用于行政事业单位为职工缴纳住房公积金。